Το Σύστημα αρχείων κρυπτογράφησης, το οποίο διατίθεται στις εκδόσεις Business, Enterprise και Ultimate των Windows Vista, εξασφαλίζει την κρυπτογράφηση αρχείων και φακέλων σε επίπεδο χρήστη. Για παράδειγμα, αν δύο χρήστες χρησιμοποιούν από κοινού έναν υπολογιστή, ένας διαχειριστής μπορεί να χρησιμοποιήσει το Σύστημα αρχείων κρυπτογράφησης για την κρυπτογράφηση των δεδομένων κάθε χρήστη. Με αυτόν τον τρόπο, τα δεδομένα του ενός χρήστη δεν θα είναι διαθέσιμα στον άλλον. Για την κρυπτογράφηση των αρχείων και των φακέλων δικτύου, τα Windows Vista επιτρέπουν στους διαχειριστές να αποθηκεύουν κλειδιά του Συστήματος αρχείων κρυπτογράφησης σε έξυπνες κάρτες.