A biztonsági beállítások módosításával testre szabhatja, hogy az Internet Explorer milyen védelmet nyújtson az esetleg ártalmas vagy rosszindulatú internetes tartalmakkal szemben. Az Internet Explorer automatikusan minden webhelyet egy biztonsági zónába sorol: ezek az Internet, a Helyi intranet, a Megbízható helyek és a Tiltott helyek zóna. Minden zónához tartozik egy alapértelmezett biztonsági szint, ami meghatározza, hogy az adott webhely esetében milyen tartalomtípusok blokkolására kerülhet sor. A webhely biztonsági szintjétől függően előfordulhat, hogy a rendszer bizonyos tartalmakat blokkol, amíg nem engedélyezi azokat, hogy az ActiveX-vezérlők nem futnak automatikusan vagy egyes webhelyeken figyelmeztető üzenetek jelennek meg. Az egyes zónák beállításainak megadásával szabályozhatja a védelem mértékét.