Crittografia file system, disponibile nelle edizioni Business, Enterprise e Ultimate di Windows Vista, è una funzionalità utile per la crittografia di file e cartelle a livello di utente. Se, ad esempio, due utenti condividono un computer, un amministratore può utilizzare Crittografia file system per crittografare i dati di un utente e fare in modo che non siano disponibili per l'altro. Per la crittografia di file e cartelle di rete, Windows Vista consente agli amministratori di archiviare chiavi di Crittografia file system in smart card.