Modificando le impostazioni di sicurezza, è possibile personalizzare la protezione del PC da parte di Internet Explorer contro contenuti Web potenzialmente dannosi o pericolosi. In Internet Explorer tutti i siti Web vengono assegnati automaticamente a un'area di sicurezza: Internet, Intranet locale, Siti attendibili o Siti con restrizioni. Ogni area ha un livello di sicurezza predefinito che determina il tipo di contenuto che potrebbe essere bloccato per il sito. A seconda del livello di sicurezza di un sito, parte del contenuto può essere bloccata fino a quando l'utente non sceglie di sbloccarla, i controlli ActiveX potrebbero non essere eseguiti automaticamente oppure potrebbero essere visualizzati avvisi su determinati siti. È possibile personalizzare le impostazioni per ogni area determinando il livello di protezione desiderato.