Encrypting File System, beschikbaar in de edities Business, Enterprise en Ultimate van Windows Vista, is handig voor bestands- en mapversleuteling op gebruikersniveau. Als twee gebruikers een computer delen, kan een administrator Encrypting File System bijvoorbeeld gebruiken om de gegevens van elke gebruiker te versleutelen, zodat de gebruikers deze niet van elkaar kunnen zien. Met Windows Vista kunnen Administrators Encrypting File System-sleutels op smartcards opslaan voor het versleutelen van netwerkbestanden en -mappen.