O Sistema de Arquivos com Criptografia, disponível nas edições Business, Enterprise e Ultimate do Windows Vista, é útil para a criptografia de arquivos e pastas em nível de usuário. Por exemplo, se dois usuários estiverem compartilhando um computador, um administrador poderá usar o Sistema de Arquivos com Criptografia para criptografar os dados de cada um para que eles não possam acessar os dados um do outro. Para criptografia de arquivos e pastas de rede, o Windows Vista permite que os administradores armazenem chaves do Sistema de Arquivos com Criptografia em cartões inteligentes.