O Sistema de Encriptação de Ficheiros, disponível nas edições Business, Enterprise e Ultimate do Windows Vista, é útil para a encriptação de ficheiros e pastas ao nível do utilizador. Por exemplo, se dois utilizadores estiverem a partilhar um computador, um administrador pode utilizar o Sistema de Encriptação de Ficheiros para encriptar os dados de cada utilizador para disponibilizá-los ao outro utilizador. Para encriptação de ficheiros e pastas de rede, o Windows Vista permite que os administradores armazenam as chaves do Sistema de Encriptação de Ficheiros em smart cards.