Windows Vista'nın Business, Enterprise ve Ultimate sürümlerinde bulunan şifreleme dosya sistemi kullanıcı düzeyinde dosya ve klasör şifreleme için kullanışlıdır. Örneğin, iki kullanıcı bir bilgisayarı paylaşıyorsa, yönetici Şifreleme Dosya Sistemi'ni kullanarak kullanıcılar birbirinin verilerini göremeyecek şekilde kullanıcı verilerini şifreleyebilir. Ağda dosya ve klasör şifreleme için, Windows Vista yöneticilerin Şifreleme Dosya Sistemi anahtarlarının akıllı kartlarda saklamalarını sağlar.